De kerk is gebouwd na 1834, het jaar van de afscheiding, op het land van Jan Martinus Bok. Op 26 juli 1835 werden in Poederoijen door dominee H.P. Scholte de ambten van deze kerk ingesteld. op 30 juli was er weer een dienst in Poederoijen. Toen werden namelijk in de bakkerij van ouderling Dirk van Dulst (later bakkerij Van der Velden) Leerdamse ambtsdragers door dominee Scholte bevestigd. Dit kwam bakker Dirk van Dulst duur te staan. Voor het afstaan van een gedeelte van zijn woning werd hij door de rechtbank te Tiel veroordeeld tot zestig gulden boete. Als ouderling moest hij nog eens zestig gulden betalen, samen met dominee Scholte (als voorganger), Wijnant Bok, landbouwer (als diaken), Cornelis van Balen, winkelier te Brakel (als ouderling) en Hendrik van der Mooren, timmerman te Poederoijen (eveneens als diaken). Ieder van hen kreeg zestig gulden te betalen vanwege een dienst die Scholte in de boomgaard van Wijnant Bok had gehouden.
Van 1892 tot 1942 behoorde de gemeente tot de Gereformeerde Kerken in Nederland en in februari 1943 sloot de gemeente zich aan bij de Christelijk Gereformeerde Kerk. 
De Christelijk Gereformeerde Kerk van Poederoijen heeft geen dienstdoende predikanten gehad. Van 2010 tot 2021 was H. Bor lerend ouderling, voorheen was deze evangelist te Gent (B).